系統樹作成(発展) 1/3 seqboot
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Tags: bootstrap Mac phylip seqboot ブートストラップ 系統樹
seqbootを使って、ブートストラップ配列を生成します。
系統樹作成 10/10 njplot
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njplotを使って、系統樹を描画します。
系統樹作成 6/10 neighbor(UPGMA法)
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neighborを使って、UPGMA法による系統樹作成を行います。
系統樹作成 2/10 NCBIからの配列取得2
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NCBIから塩基配列を取ってきます。ここではチンパンジーとゴリラのEDNのCDS配列を取ります。
系統樹作成 7/10 neighbor(Neighbor-Joining法)
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neighborを使って、Neighbor-Joining法による系統樹作成を行います。
系統樹作成 9/10 dnaml
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Tags: dnaml Mac phylip 最尤法 系統樹
dnamlを使って、最尤法による系統樹推定を行います。
系統樹作成 8/10 dnapars
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Tags: dnapars Mac phylip 最大節約法 系統樹
dnaparsを使って、最大節約法による系統樹の作成を行います。
系統樹作成(発展) 2/3 dnaml
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Tags: bootstrap dnaml Mac phylip ブートストラップ 系統樹
dnamlを使って、seqbootで生成されたブートストラップ配列の系統樹を一つずつ最尤推定します。
系統樹作成 5/10 dnadist(Kimura 2-parameterモデル)
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Tags: dnadist Mac phylip 系統樹 距離行列
dnadistを使って、Kimura 2-parameterモデルによる距離行列を求めます。
系統樹作成 4/10 dnadist(Jukes-Cantorモデル)
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Tags: dnadist Mac phylip 系統樹 距離行列
dnadistを使って、Jukes-Cantorモデルによる距離行列を求めます。
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